Музей Мологского края был открыт в августе 1995 года. Основной задачей сотрудников музея является изучение природно-культурного и исторического наследия Молого-Шекснинского междуречья, которое в 30-е гг. XX в. оказалось затопленным в результате создания Рыбинского водохранилища.

Сотрудники отдела занимаются построением выставок, связанных с темой Мологской земли. В этом же направлении ведется научно-исследовательская и просветительская работа.

Другим важным направлением деятельности стало создание на базе отдела объединительного центра для специалистов, занимающихся проблемами комплексного изучения Рыбинского водохранилища.